GitHub- 2종
- 지원 엔진
- ≤ 2.0 Å
- 재도킹 RMSD 기준
- 17명
- 개발팀 & LALS
- 12월
- 데모데이 공개
문제 정의
좋은 도구를 더 쉽게
연구자들이 겪는 4가지 불편함을 해결합니다.
높은 진입 장벽
설치, 전처리, 포맷 변환, 좌표 설정에서 막힙니다.
긴 실행 시간
수십 초에서 수 시간까지 걸립니다. 작업 큐와 상태 추적이 필요합니다.
불투명한 전처리
결과를 좌우하는 설정이 기본값 뒤에 숨어 있습니다.
엔진 간 비교의 어려움
Vina와 AI 결과를 나란히 볼 도구가 부족합니다.
파이프라인
두 엔진을 한 화면에서 비교합니다
물리 기반 시뮬레이션과 AI 구조 예측을 같은 방식으로 실행합니다.
물리 기반 시뮬레이션 (Vina)
결합 가능 공간 탐색
- 1구조 & SMILES 입력
- 2전처리 & Grid Box 설정
- 3Vina 연산
- 4포즈 & 스코어
AI 구조 예측 모델 (AI)
서열과 SMILES로 복합체 예측
- 1서열 & SMILES 입력
- 2MSA 검색CPU
- 3AlphaFold3 추론GPU
- 4구조 & 신뢰도
통합 비교 뷰
두 엔진의 결과를 같은 조건에서 나란히 비교합니다. 정확도는 3PTB 재도킹 RMSD 2.0 Å 이하로 검증합니다.
- AutoDock Vina데모 탑재
- AlphaFold3데모 탑재
- Protenix예정
- Boltz-2예정
- Chai-1예정
※ AlphaFold3는 이용 약관에 따라 비상업적 연구에만 사용합니다.
팀 소개
개발 동아리 × 생명과학 동아리
GDGoC KU가 만들고, LALS가 검증합니다.
GDGoC KU 개발팀
7명웹 플랫폼 설계 및 개발
- PM
- Backend
- AI / Data
- Frontend
- Design
LALS 동아리
10명결과 검증 및 사용성 개선
- 도메인 검증
- 전처리 기본값 설계
- 사용성 테스트
- 결과 분석
일정
12월 데모데이까지
한 학기 동안 단계별로 완성합니다.
- ~ 11/2진행 중
0단계: 준비
선행 조사, 환경 구축, 와이어프레임, 사용자 인터뷰
- 11/3 (화)
킥오프
GDGoC × LALS 합동 워크숍
- 11/3 ~ 11/22
1단계: Vina 파이프라인
작업 큐, 상태 관리, Vina Worker
- 11/23 ~ 12/13
2단계: AI & 비교 뷰
AlphaFold3 Worker, 비교 뷰, 전처리 위저드
- 12월 중
데모데이
기능 동결, 버그 수정, 최종 시연
- 1월 ~
향후 계획
AI 모델 확장, MD 검증, 베타 운영